RDkitのインストール方法 for Windows

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Chemoinformaticsの代表的なツールとしてRDkitがあります。

そのRDkitをWindowsマシンにインストールしたので、インストール手順をまとめておきたいと思います。

 

RDkitのインストール方法 for Windows

インストールするソフト

RDkitをwindowsマシンで使えるようにするためには下記2つのソフトのインストールが必要です。

  1. Anaconda
  2. RDkit

 

RDkitを使うためには、Numpyという数値計算用のライブラリとPillowという画像処理ライブラリのインストールが必要です。

Anacondaはそれらのソフトを含め分析などで必要なソフトが一度にインストールできる便利なソフトといったところでしょうか。

 

RDkitインストール手順

Anacondaのインストール

■下記のリンクからPython3.5 versionをインストール

(64ビットか32ビットかはOSによって違うので、マイコンピュータを右クリック→プロパティのシステムの種類のところで確認してください)

https://www.continuum.io/downloads
インストーラをダウンロードしてからの手順は下記を参照

(インストーラーに従って簡単にインストールはできます)

http://pythondatascience.plavox.info/python%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/python%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB-windows/

 

RDkitのインストール

Anacondaのインストールが完了したら、RDkitをインストールします。

■下記のリンク先からRDkitをダウンロード

https://sourceforge.net/projects/rdkit/files/

 

■RDkitのzipファイルをCドライブ直下で解凍
■環境変数に下記を追加(※)

変数:RDBASE
値:C:\RDKit_2016_03_1.win64.py27(C:\以降はrdkitのファイル名入れる)

変数:PYTHONPATH
値:%RDBASE%

変数:PATH
値:%RDBASE%\lib

 

※環境設定の方法
マイコンピューター右クリック→システムの詳細設定→環境変数
PATH以外は新規追加で設定する
PATHはすでに存在するので、編集で新しい変数を追加する

 

■Anaconda NavigatorのSpyderを起動し、下記のテストコードで動作確認

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
mol = Chem.MolFromSmiles(‘c1ccc(cc1)C(=O)O’)
Draw.MolToImageFile(mol,’comp.png’)

 

下記のパスに安息香酸の画像ファイルが出力されれば動作は問題ありません。

C:\Users\(ユーザー名)\.spyder-py3

 

 

 

 

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